Mye av unionens budsjett gjelder nasjonsvise tiltak i EU-landene. Betydelige midler brukes imidlertid på transnasjonale samarbeidsprogrammer som også EØS/EFTA-landene kan delta i, hvis de selv ønsker det. Hovedpoenget med disse tiltakene er ikke pengetildeling, men arbeidsformen. Gjennom å stimulere til samspill og erfaringsutveksling mellom geografisk spredte og sosialt og økonomisk forskjelligstilte aktører vil man bidra til samhørighet, rask overføring av ideer og kunnskap, stordriftsfordeler ved deling av prosjekt- og administrasjonskostnader og utvikling av europaperspektiv og kunnskap om EUs arbeidsmåte. Målgrupper for programmene kan være enkeltpersoner, organisasjoner, offentlig forvaltning og næringsliv.

Transnsjonale samarbeidsprogrammer ble for alvor tatt i bruk på 80- og 90-tallet. Programmene delfinansierer enkeltprosjekter som er i tråd med retningslinjene og har høy nok kvalitet. Tilskuddet ligger ofte i området 50-75% av prosjektets budsjett. Programmenes varighet samsvarer vanligvis med EUs langtidsbudsjett (Multiannual Financial Framework - MFF). Inneværende MMF-periode går fra 2021-2027. De største programmene gjelder FoU, utdanning, innovasjon og regionalpolitikk.

Gjennom EØS-avtalen ble det åpnet for at EØS/EFTA-landene kan delta som fullverdige medlemmer i en rekke slike programmer (likevel uten stemmerett i programkomiteene). Kontingenten et EFTA-land må betale for å delta i et program beregnes på grunnlag av BNP, sett i forhold til BNP i medlemslandene. I perioden 2014-2020 betalte Norge anslagsvis 25 milliarder kroner for å være med i EUs samarbeidsprogram. Kontingenten viser hva samarbeidet brutto koster oss. Netto utgifter er kontingenten fratrukket EUs medfinansiering av norsk deltakelse i programmene.

I perioden 2021-2027 deltar Norge helt eller delvis i 11 EU-programmer innenfor EØS-avtalen:

Horisont Europa - Forskning og innovasjon

Erasmus+ - Utdanning, opplæring, ungdom og idrett

Rom-programmet - Satelittnavigasjon og jordobservasjon
EDF - Det europeiske forsvarsfondet - Forsvarsrelatert forskning og kapabilitetsutvikling

Digital - Digitale teknologier for samfunn og nærlingsliv

EU4Health - Helseprogrammet

Indre marked - Norsk deltagelse gjelder markedstiltak, bedrifters konkurranseevne, forbrukerbeskyttelse og statistikk

Sivil beredskap - Samarbeid ved katastrofehendelse

Kreativt Europa - Kultur- og mediaprogram

EaSI - Sysselsetting og sosial innovasjon - Norsk deltagelse gjelder politikkutvikling

InvestEU - Finansiering, erstatter en rekke tidligere programmer

Utenfor EØS-avtalen deltar Norge i 11 programmer under Interreg-paraplyen - dvs regionalt utviklingssamarbeid over landegrensene:

4 Interreg A-programmer - samarbeid innenfor grenseregioner (ett av programmene, hvor Russland deltar, er midlertidig stilt i bero)
3 Interreg B-programmer - samarbeid i store, sammenhengende regioner
4 Interreg C-programmer - nettverkssamarbeid mellom regioner rundt omkring i Europa

For program Norge deltar i er det etablert norske kontaktpunkt/programkontor hvor interesserte kan få informasjon og hjelp.